Shadow Empires inför ett nytt koncept i spelet - fraktioner. I början av spelete väljer spelarna sin stam och dessutom en fraktion. Det finns 5 fraktioner. Varje fraktion börjar spelet i olika delar på kartan.

Imperiet– i mitten	Dynastin – i sydöst
Rebellerna – i nordväst	Horden – i öst
Plundrarna – i norr

I början kommer nya spelare i en specifik fraktion att starta i samma region. När den är full, kommer nya spelare att börja dyka upp i andra, närliggande regioner osv. Det beror inte längre på kvadranter eller avstånd till kartans mitt.

Regioner

Fraktioner bestämmer inte bara spelarnas startposition, utan inför även en ny nivå av samarbete mellan spelarna. 

Regioner erövras nu av fraktioner, inte av enskilda allianser. Både fraktioner och allianser som hjälper till att erövra en region tjänar segerpoäng. Endast en allians får dock tillgång till den rgionens antika kraft. Se artikeln om regioner och antika krafter för mer detaljer.

Spelare och allianser i fraktioner

Spelare väljer sin fraktion vid spelets start och kan inte ändra detta val.

En allians tillhör den fraktion som spelaren som grundade alliansen. Detta kan inte heller ändras senare.

Spelare är dock fria att gå med i vilken allians de vill. Så även om du i starten spelade för Rebellerna, kan du gå med i en allians som tillhör Horden eller någon annan fraktion.